Valitusoikeuden rajaaminen yleissäännöksissä valtioneuvoston ja sen alaisen viranomaisen sekä kunnallisen ja kirkollisen viranomaisen ja Ahvenanmaan maakunnan viranomaisen tekemiin päätöksiin on ongelmallista perustuslain 21 §:n oikeusturvasäännöksen kannalta, sillä siihen ei sisälly vastaavaa rajoitusta. Erityissäännöksiä oikeudesta valittaa muusta kuin hallintolainkäyttölaissa mainitun viranomaisen tekemästä hallintopäätöksestä on runsaasti, mutta nykyisen sääntelyn pohjalta on mahdollista, että yksilön oikeuksia tai velvollisuuksia koskeva hallintopäätös jää valitusoikeutta koskevien yleissäännösten ja erityissäännösten ulkopuolelle.
Itä Suomen Hallinto Oikeus KuopioLisäksi oikeuskäytännössä on perinteisesti painotettu yksilön oikeusturvan toteuttamista takaavia laadullisia vaatimuksia, kuten oikeusturvan kattavuuteen, vaikuttavuuteen, tehokkuuteen ja nyttemmin myös yhdenmukaisuuteen perustuvia kriteereitä. Oikeuskäytännössä on pyritty määrittelemään vähimmäiskriteereitä eräille oikeusturvan tehokkuuden kannalta keskeisille menettelyn osatekijöille. Nämä vaatimukset koskevat muun muassa väliaikaista oikeussuojaa, hallintopäätöksen valituskelpoisuutta, valitusaikoja, tuomioistuimen tutkimisvelvollisuutta, päätösten täytäntöönpanokelpoisuutta, sovellettavia prosessuaalisia määräaikoja ja velvollisuutta pyytää ennakkoratkaisu. Niin ikään yksityisen asianosaisen prosessuaalista asemaa määritteleviä puolustuksen oikeuksia on täsmennetty oikeuskäytännössä. Asianosaisella on muun muassa oikeus tulla kuulluksi ja tutustua päätöksen perusteena oleviin asiakirjoihin (esim. EUT C-300/11 ZZ 2013) sekä saada perusteltu päätös (esim. EUT C-619/10 Trade Agency 2012).
Hallintoa koskevat kanteet käsitellään samoissa tuomioistuimissa kuin siviili- ja rikosasiatkin, ja hallintoprosessi muistuttaa pitkälti siviiliasian käsittelyä. Tanskan perustuslain 63(2) pykälän mukaan lailla voitaisiin säätää yhden tai useamman hallintotuomioistuimen perustamisesta niin, että niiden päätöksiin voitaisiin hakea muutosta valittamalla korkeimpaan oikeuteen. Tällaisen lain säätämistä ei kuitenkaan ole pidetty tarpeellisena.
Todisteellisessa tiedoksiannossa yleisimmin käytettyä saantitodistusmenettelyä on pidetty käytännössä raskaana menettelynä tuomioistuinten kannalta, sillä se aiheuttaa runsaasti hallinnollista työtä ja kustannuksia. Saantitodistusmenettely ei ole vaivaton myöskään tuomioistuimessa asioivan näkökulmasta, sillä se edellyttää asiakirjan noutoa määräajassa postitoimipaikasta. Välitoimien tiedoksiannossa on hallintotuomioistuimissa käytetty myös varsinaista saantitodistusta kevyempää menettelyä, jossa asiakas palauttaa kirjeen mukana lähetetyn vastaanottotodistuksen tuomioistuimelle. Tällaisen menettelyn käytöstä ei ole säännöksiä.
Lainvastaisesti hankittujen todisteiden hyödyntämiskielto koskee itsekriminointisuojan vastaisesti tai muulla tavoin lainvastaisesti hankittuja todisteita. Kielto ei ole ehdoton, mutta lainvastaisesti hankitun selvityksen hyödyntäminen oikeudenkäynnissä ei saa johtaa siihen, että oikeudenkäynti muodostuisi kokonaisuutena arvioiden epäoikeudenmukaiseksi.
Käräjäoikeudella on oikeudenkäymiskaaren 7 luvun säännösten mukaan yleinen toimivalta antaa oikeudenkäynnin osapuolen oikeussuojan takaavia väliaikaisia turvaamismääräyksiä myös hallintoasioissa. Käräjäoikeuden toimivalta turvaamismääräysten antamiseen hallintoasioissa tekee oikeussuojajärjestelmän sekavaksi. Ongelmallista on varsinkin, että käräjäoikeudella on toimivalta antaa turvaamismääräyksiä tilanteissa, joissa pääasia on jo vireillä tai se on tulossa vireille hallintotuomioistuimessa.
Rajanveto-ongelmia liittyy myös siihen, onko kyse valituksesta vai hallintoriidasta. Hallinto-oikeus voi käsitellä valituksena saapuneen asian hallintoriitana, mutta tällaista joustavaa mahdollisuutta ei ole silloin, kun korkeimpaan hallinto-oikeuteen saapuu valitusasioita, jotka olisi tullut panna vireille hallintoriitana hallinto-oikeudessa.